Au printemps, deux jeunes collégiennes se rencontrent : Mato Kuroi et Yomi Takanashi.

Très vite, leur personnalité diamétralement opposé les amène à se rapprocher l’une de l’autre. Cependant, les deux filles ont un secret. Dans un monde virtuel, elles sont Black Rock Shooter et DeadMaster, deux combattantes qui se livrent une guerre sans pitié. Peu de temps après, un mystérieux personnage fait son apparition sous le nom de Black Gold Saw.

L’histoire se concentre sur la vie de ces deux filles et leur tragique destinée.